Shin Captain Tsubasa é a continuação direta de Captain Tsubasa e mostra o Japão no Mundial sub-16, com sede em París, França, inclui as partidas de preparação da equipe juvenil japonesa, o campeonato que termina com a vitória do Japão sobre Alemanha por 3-2. Também está o desenlace da série e o destino parcial dos protagonistas.