Em um mundo paralelo existe uma terra chamada Beyondard, uma terra mais primitiva onde humanos e Net Navis coexistem no mesmo lugar. Nesta terra, duas bestas cibernéticas gigantes (conhecidas como Gregar e Falzar) estão em guerra, e os Zoanoroids fazem suas licitações. Uma criança chamada Trill é a chave para acabar com esta guerra, mas devido a uma fenda no tempo e no espaço, ela apareceu no Japão, e os Zoanoroids começam a aparecer em busca. Quando Netto e seus amigos descobrem Trill, eles prometem protegê-lo a todo custo.
Temporada 1: Rockman EXE
Temporada 2: Rockman EXE Axess
Temporada 3: Rockman EXE Stream
Temporada 4: Rockman EXE Beast
Temporada 5: Rockman EXE Beast +
