Século XIX, Japão. O velho regime do Xogunato, que concede poder a importantes famílias no Japão, começa a ser questionado por alguns integrantes da política. Países vizinhos começam a apoiar os "traidores" do Império, como são chamados aqueles que se aliam a favor de um novo regime de governo. O Shinsengumi, tropa de elite do imperador, se vê em meio a um embate de poder que mais tarde implodiria o velho Japão e o transformaria na grande potência que é hoje.
Em meio a tudo isso, Chizuru Yukimura, uma doce menina, acaba refém do Shinsengumi, após testemunhar um terrível segredo do grupo. Numa jornada para encontrar seu pai desaparecido, Chizuru consegue a aliança do Shinsengumi e a "amizade" do vice-capitão para permanecer no quartel. Só que ela descobre que possui um bizarro segredo de família mais ligado ao Shinsengumi e às facções rebeldes do Japão do que ela poderia querer ou imaginar.
Temporada 1: Hakuouki Shinsengumi Kitan
Temporada 2: Hakuouki Hekketsu-roku