Se passam dois anos após os eventos em Ghost In The Shell: Stand Alone Complex 2nd GIG. A esta altura, Motoko Kusanagi havia deixado a Seção 9 e esta foi expandida para um time com 20 soldados com Togusa agindo como o Chefe de Operação. Eles são confrontados por diversos casos misteriosos que os levam ao principal culpado, um super hacker com o codenome de Kugutsu Mawashi (Kugutsu - Marionete, Mawashi - Circular, reciclar, mover ao redor). A desconfiança cai sobre Motoko uma vez que Batou a encontra em uma situação suspeita.
