Continuação direta de Ghost in the Shell: Stand Alone Complex. Em um mundo futurista, onde a internet ea cibernética borrou os limites entre as sociedades, os membros da Segurança Pública, Seção 9 forem repostas para auxiliar na resolução de inúmeros casos de crime cibernético.
A onda de crimes semelhantes cometidos por grupos suicidas separados, conhecidos como "Os Onze individuais" torna-se o foco central para a Seção 9 como abordagens de guerra em forma de refugiados inundações no país.
