Vinte e Seis episódios foram produzidos para a segunda fase de Tenchi Muyo. Nessa nova fase, Tenchi decide se mudar para a cidade de Tóquio. Ele quer se tornar um monge como seu avô, para desespero de Ryoko, Ayeka, Sasami, Washu, Kiyone e Mihoshi, que ficam na cidade de Okayama, curtindo amor a distância. Longe das distrações do campo, Tenchi divide seu tempo entre treinar artes marciais e ir a sua nova escola. Lá ele encontra uma menina muito interessante, a nova personagem Sakuya. Através de um túnel dimensional inventado por Washu, Ayeka e Ryoko chegam rapidamente à nova casa de Tenchi e a confusão começa. Elas encontram Tenchi voltando para casa ao lado de sua nova "amiga" e ficam revoltadas. Após muitas reclamações, Tenchi proíbe as garotas de usar o túnel para chegar até ele, mas Ryoko não desiste, usando outra invenção de Washu: uma pequena máquina que transmite imagens do que está acontecendo com seu amado. Com tanta gente na mesma casa, a família Masaki começa a enfrentar dificuldades financeiras e, para pagar o aluguel, Ryoko, Ayeka, Mihoshi e Kiyone viajam até a cidade para procurar empregos em Tóquio. Enquanto Ryoko e Ayeka perdem tempo brigando, a humana normalzinha Sakuya e Tenchi ficam cada vez mais próximo. Mas nem tudo é perfeito: Yuugi, uma menina com poderes demoníacos, tenta das maneiras mais traiçoeiras atacar Ryoko, Ayeka, Mihoshi e Kiyone enquanto, por uma razão secreta, tenta unir para sempre Sakuya e Tenchi.
OVA: Tenchi Muyo! Ryo-Ohki
Temporada 1: Tenchi Universe
Temporada 2: Tenchi in Tokyo
Temporada 3: Tenchi Muyo! GXP
